上海市机构编制委员会办公室部门预算是上海市机构编制委员会办公室机关本部的综合收支计划。2012年，上海市机构编制委员会办公室部门预算支出总额为1079万元，其中：财政拨款支出预算1079万元。财政拨款支出预算中，基本支出623万元；项目支出456万元。财政拨款支出主要内容如下：
1、“一般公共服务”科目1044万元，主要用于上海市机构编制委员会办公室机关本部日常办公支出和专项工作的支出。
2、“医疗卫生”科目15万元，主要用于上海市机构编制委员会办公室机关本部在职人员医疗保险缴费的支出。
3、“住房保障支出”科目20万元，主要用于上海市机构编制委员会办公室机关本部在职人员住房公积金缴费的支出。
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